1997年6月成立醫務管理學系。
1997年8月1日起盧美秀教授擔任第一任系主任暨所長。
1998年6月於醫學研究所下增設「醫務管理組」，開始招收醫務管理學碩士研究生，同時籌劃申請成立醫務管理學研究所。
2000年6月成立醫務管理學研究所，首任所長為盧美秀教授。
2001年6月成立醫務管理學系碩士在職專班。
2002年9月1日起許怡欣副教授暫代第二任系主任暨所長。
2003年9月15日起許怡欣副教授繼任第二任系主任暨所長。
2006年8月1日起郭乃文副教授繼任第三任系主任暨所長。
2011年8月1日起楊哲銘教授繼任第四任系主任暨所長。
2014年8月1日起簡文山教授繼任第五任系主任暨所長。
2017年8月1日起黃國哲副教授繼任第六任系主任暨所長。
