1997年6月成立医务管理學系。
1997年8月1日起卢美秀教授担任第一任系主任及所长。
1998年6月于医學研究所下增设「医务管理组」，开始招收医务管理學碩士研究生，同时筹划申请成立医务管理學研究所。
2000年6月成立医务管理學研究所，首任所长为卢美秀教授。
2001年6月成立医务管理學系碩士在职专班。
2002年9月1日起许怡欣副教授暫代第二任系主任及所长。
2003年9月15日起许怡欣副教授继任第二任系主任及所长。
2006年8月1日起郭乃文副教授继任第三任系主任及所长。
2011年8月1日起杨哲铭教授继任第四任系主任及所长。
2014年8月1日起简文山教授继任第五任系主任及所长。
2017年8月1日起黄国哲副教授继任第六任系主任及所长。
